Este grupo aborda 4 líneas de investigación:
1. Ecohidrología: Análisis de procesos fluviales que condicionan los patrones ecológicos y la distribución, estructura y funcionamiento de los organismos de ambientes fluviales.
2. Humedales: Análisis de la complejidad de organización y de los patrones de variabilidad ecológica, de su producción y de estrategias de manejo sostenible en distintos humedales de Sudamérica.
3. Riesgos e impactos ambientales: Se analiza, a través de estudios de impacto ambiental, los riesgos de los proyectos que producen disturbios en el ambiente (represas, caminos, forestaciones, urbanizaciones). Además, como actividades de transferencia, este núcleo posee una fecunda vinculación con instituciones y personas del sector público y privado preocupadas por el manejo sostenible del ambiente y el uso sabio y prudente de los recursos naturales quienes son integradas activamente en la búsqueda de soluciones.
4. Ecofisiología: Se procura establecer la respuesta de los organismos a las fluctuaciones del ambiente, para ayudar a seleccionar las formas productivas mejor adaptadas, las de mayor rendimiento y las de menor impacto para el ambiente. Las actividades de extensión, como los talleres con productores o instituciones gubernamentales, están orientadas a consensuar y promover las mejores formas de manejo del ambiente. Se desarrollan actividades en la Semana de la Ciencia, destinadas a estudiantes y docentes secundarios.