El Grupo de Investigación de Biología de los Invertebrados y Protistas desarrolla estudios referidos a la diversidad, morfoanatomía, ecología y dinámica poblacional de insectos, principalmente termitas y fauna asociada a termiteros, así como a la fauna edáfica en general del NEA. Se tratan de dilucidar los roles ecológicos y servicios ecosistémicos que cumplen estos organismos en los ecosistemas locales y las influencias de la acción antrópica sobre sus comunidades.Además, los resultados en referencia a termitas tienen aplicaciones en conservación por el rol de bioindicadores que cumplen estos insectos en ecosistemas terrestres, así como también en la sanidad ambiental urbana por las especies consideradas plagas de construcciones. Los análisis de fauna del suelo contribuyen a indicar la calidad del medio edáfico y evaluar prácticas de manejo agrícola. Otra línea de trabajo analiza los protistas endosimbiontes del intestino de termitas que colaboran en la digestión de compuestos lignocelulósicos, cuya diversidad y relevancia se comenzó a evidenciar en los últimos años, por la posibilidad de su utilización en la hidrólisis de biomasa lignocelulósica para la producción de bioetanol. Asimismo, la diversidad de protistas de vida libre en ambientes acuáticos regionales es objeto de estudio del grupo. La colección de Termitas de Argentina (FACENAC), obtenida a través de los relevamientos a campo del grupo de trabajo, es única en el país para este grupo de insectos y alberga más de 3500 muestras de Argentina y países limítrofes.